Zapadła decyzja - dworzec Łódź Fabryczna ma być jedyną podziemną stacją na terenie Łodzi. Tym samym idea tworzenia zwartego systemu komunikacji aglomeracyjnej i miejskiej, opartego na kolei, została poddana w wątpliwość.

Przygotowania do budowy tunelu kolejowego pod Łodzią przyspieszają. Pojawiła się szansa, że inwestycję będzie można sfinansować jeszcze ze środków unijnych na lata 2007-2013. Inwestorzy: PKP PLK, Urząd Marszałkowski i Urząd Miasta Łodzi oczekują na studium wykonalności inwestycji, przygotowywane przez firmę SENER, które ma być gotowe jeszcze w tym kwartale. Duży stopień zaawansowania projektu sprawia, że Łódź może mieć duże nadzieje na przyznanie środków unijnych. Budowa tunelu ma kosztować 1,5 mld zł, z czego aż 85% może pochodzić z dofinansowania.

Dla PKP PLK tunel jest warunkiem koniecznym by wyeliminować niewydolność łódzkiego węzła kolejowego i stworzyć wygodną siatkę ogólnopolskich połączeń. Dla Województwa i Miasta był on z kolei szansą na rozbudowanie systemu Łódzkiej Kolei Aglomeracyjnej i stworzenie na terenie Łodzi namiastki metra. W tym celu w tunelu miały powstać stacje pośrednie. W wytycznych do studium wykonalności zamawiający zapisali dwie takie stacje: przy skrzyżowaniu ul. Zachodniej i Zielonej oraz przy pl. Hallera. Według projektantów z firmy SENER przebieg tunelu umożliwiający budowę obu przystanków jest niemożliwy. W zamian zaproponowali oni stację pośrednią przy ulicy Ogrodowej, na tyłach centrum handlowo-rozrywkowego Manufaktura, całkowicie odizolowaną od miejskiego układu komunikacyjnego. Stacja przy ul. Zachodniej była według nich technicznie wykonalna, ale całkowicie nieopłacalna dla kolei i potencjalnie utrudniająca ruch pociągów w tunelu. Ten pogląd wzbudził głośne protesty łodzian interesujących się komunikacją.

Okazuje się jednak, że inwestorzy skłaniają się do wariantu, w którym przy Manufakturze powstaje tylko przystanek techniczny, nie przystosowany do obsługi ruchu pasażerskiego. Tym samym jedyną stacja podziemną w tunelu będzie dworzec Łódź Fabryczna. Miasto uznało, że budowa stacji przy prywatnym centrum handlowym źle wpłynie na wizerunek Łodzi. Problem w tym, że ta decyzja w znacznym stopniu  podważa ideę włączenia kolei w system komunikacji miejskiej, która była jednym z największych atutów Łódzkiej Kolei Aglomeracyjnej.